ミブログ画像解析ならMiVLog(ミブログ)

ソフトウエア

細胞カウント技術 - 癌細胞の研究や診断支援にも使われる画像解析

医療分野や癌細胞の研究などで多く行われている、細胞を数える作業

医療の分野では、研究目的や病気の治療方針を決定するため、乳癌や大腸癌の診断支援といった様々なところで、サンプル上の細胞数のカウント作業が行われています。 こういった細胞のカウント作業は、顕微鏡をのぞきながら目視によりカウントを行うため、作業されている方の疲労や時間拘束といったことを考えても非常に大変な作業です。 その作業を画像処理を用いることであっという間に完了してしまおう、というコンセプトで製作した解析ソフトが PatholoCount(パソロカウント) です。

ここでは PatholoCount での細胞カウントの事例を見ていただければと思います。

PatholoCountの体験版は全ての機能を2ヶ月間無料で利用することができます。
ダウンロードはこちら


蛍光顕微鏡画像でのカウントにトライ

実際に細胞カウントにトライする画像がこの画像になります。
DAPI_000.jpg

この画像は蛍光顕微鏡で撮影した画像になります。
特殊な試薬で染めた細胞に紫外線を照射すると細胞の染色部分が光り、その状態を顕微鏡で撮影した画像が蛍光顕微鏡画像です。 この画像はDAPIという試薬を使用して撮影した画像で、細胞生物学の分野では広く普及しているポピュラーな観察方法です。

なんだか深海を撮影したような神秘的な雰囲気もありますよね...。

まずは、一般的な画像処理方法で実行

このミブログの他の記事もご覧いただいている方にはすでに馴染みかもしれませんが、数を数えるためにはまずは対象を正確に抽出する必要があります。 そんなときにまず試してみたい処理といえば 2値化 です。
WinROOFの色抽出機能で2値化をして画像の中の細胞核(青い部分)を抽出してみましょう。
DAPI_001_bin.jpg

青い部分が認識されて緑色でマークされましたので、このまま細胞カウントを行ってみたいと思います。

...ポチッ。
DAPI_002_bin.jpg
おぉー。282個。
うまくカウントできたように見えますが、果たしてどうでしょうか?
細かい部分をチェックしていきたいと思います。


密集した細胞核がくっついてしまう

細胞核が密集している部分を拡大してみると、やはり複数の細胞核を正確にカウントできていないようです。

2つの細胞核が1つになっている部分
DAPI_003_bin.jpg

4つの細胞核が1つになっている部分
DAPI_004_bin.jpg

282個とカウントされましたが、カウント間違いを考慮するともう少し個数が多いのではないか...。少し不安になりますね。


さぁ! PaholoCount の出番です!

細胞カウント専用ソフトウェア

前置きが長くなりましたが、細胞カウント用ソフトウェアであるPatholoCountが優れているのは一般的な 方法では避けられないカウント間違いを回避するアルゴリズムを搭載されている点です。

実際の画面イメージはこちら。 取得した色の情報とともに、検出したい細胞核のおおまかな「サイズ」と「染色強度」を調整すると、即座にカウント結果が表示されます。
PatholoCount_sample001.jpg
367個。...80個以上差が出ました。

くっついてしまっていた部分も見てみましょう。
PatholoCount_sample002.jpg

PatholoCount_sample003.jpg
密集している部分もしっかり分離してカウントしていて、 より正確なカウント結果になっていますね!

PatholoCountではカウント結果のマウスによる修正なども柔軟に行えますので、作業者によるダブルチェックも簡単に実現できます。 いままで行っていた目視によるカウント作業が正確を維持したまま自動化でき、大幅な作業の効率化となります。

今なら、2か月間すべての機能が使用できるPatholoCountの体験版をダウンロード可能です!ぜひ、一度試してみてください。

ダウンロードはこちら

細胞カウント 動画

実際のPatholoCountの動きを動画でご覧下さい!この動画ではここで取り上げた画像とは別の細胞の画像で行っています。

建設・工事業向けERPパッケージソフトウェア e2-movE